{rfName}
A

Indexat a

Llicència i ús

Icono OpenAccess

Citacions

173

Altmetrics

Grant support

This work was partially funded by Fundacion Mutua Madrilena and Fondo de Investigaciones Sanitarias (PIs: Esther Conde, Luis Paz-Ares and Fernando Lopez-Rios). DxS Limited provided some tests kits free of charge. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript.

Anàlisi d'autories institucional

Martinez, RAutor o coautorRedondo, PAutor o coautor

Compartir

4 d’agost de 2021
Publicacions
>
Article
Sí

A Comparison of EGFR Mutation Testing Methods in Lung Carcinoma: Direct Sequencing, Real-time PCR and Immunohistochemistry

Publicat a:Plos One. 7 (8): - 2012-08-27 7(8), DOI: 10.1371/journal.pone.0043842

Autors: Angulo, B; Conde, E; Suarez-Gauthier, A; Plaza, C; Martinez, R; Redondo, P; Izquierdo, E; Rubio-Viqueira, B; Paz-Ares, L; Hidalgo, M; Lopez-Rios, F

Afiliacions

Hosp Univ Virgen del Rocio, Seville, Spain - Autor o coautor
Inst Biomed Sevilla IBIS, Dept Oncol, Seville, Spain - Autor o coautor
Spanish Natl Canc Res Ctr, Gastrointestinal Canc Clin Res Unit, Madrid, Spain - Autor o coautor
Univ San Pablo CEU, Hosp HM Univ Sanchinarro, Ctr Integral Oncol Clara Campal, Lab Dianas Terapeut,Fac Med, Madrid, Spain - Autor o coautor

Resum

The objective of this study is to compare two EGFR testing methodologies (a commercial real-time PCR kit and a specific EGFR mutant immunohistochemistry), with direct sequencing and to investigate the limit of detection (LOD) of both PCR-based methods. We identified EGFR mutations in 21 (16%) of the 136 tumours analyzed by direct sequencing. Interestingly, the Therascreen EGFR Mutation Test kit was able to characterize as wild-type one tumour that could not be analyzed by direct sequencing of the PCR product. We then compared the LOD of the kit and that of direct sequencing using the available mutant tumours. The kit was able to detect the presence of a mutation in a 1% dilution of the total DNA in nine of the 18 tumours (50%), which tested positive with the real-time quantitative PCR method. In all cases, EGFR mutation was identified at a dilution of 5%. Where the mutant DNA represented 30% of the total DNA, sequencing was able to detect mutations in 12 out of 19 cases (63%). Additional experiments with genetically defined standards (EGFR Delta E746-A750/+ and EGFR L858R/+) yielded similar results. Immunohistochemistry (IHC) staining with exon 19-specific antibody was seen in eight out of nine cases with E746-A750del detected by direct sequencing. Neither of the two tumours with complex deletions were positive. Of the five L858R-mutated tumours detected by the PCR methods, only two were positive for the exon 21-specific antibody. The specificity was 100% for both antibodies. The LOD of the real-time PCR method was lower than that of direct sequencing. The mutation specific IHC produced excellent specificity.

Paraules clau

AccuracyActivating mutationsAdultAgedAged, 80 and overAnalytic methodArticleBase sequenceCancerDirect sequencingDna mutational analysisEgfr geneEpidermal-growth-factorExonFactor-receptor mutationsFemaleGefitinib treatmentGene copy numberGene deletionGene expressionGene frequencyGene mutationHumanHuman tissueHumansImmunohistochemistryIntermethod comparisonLimit of detectionLung carcinomaLung neoplasmsMajor clinical studyMaleMiddle agedMutational analysisOncogenePersonalized medicinePoint mutationPolymerase-chain-reactionPredictive valueProtein expressionReal time polymerase chain reactionReal-time polymerase chain reactionReceptor, epidermal growth factorSensitivity and specificityTyrosine kinase inhibitors

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Plos One a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2012, es trobava a la posició 7/56, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Multidisciplinary Sciences.

Des d'una perspectiva relativa, i tenint en compte l'indicador de impacte normalitzat calculat a partir de les Citacions Mundials proporcionades per WoS (ESI, Clarivate), proporciona un valor per a la normalització de citacions relatives a la taxa de citació esperada de: 1.58. Això indica que, comparat amb treballs en la mateixa disciplina i en el mateix any de publicació, el situa com un treball citat per sobre de la mitjana. (font consultada: ESI 14 Nov 2024)

Aquesta informació es reforça amb altres indicadors del mateix tipus, que encara que dinàmics en el temps i dependents del conjunt de citacions mitjanes mundials en el moment del seu càlcul, coincideixen a posicionar en algun moment el treball, entre el 50% més citats dins de la seva temàtica:

  • Mitjana Ponderada de l'Impacte Normalitzat de l'agència Scopus: 4.65 (font consultada: FECYT Febr 2024)
  • Field Citation Ratio (FCR) de la font Dimensions: 17.4 (font consultada: Dimensions Jul 2025)

Concretament, i atenent a les diferents agències d'indexació, aquest treball ha acumulat, fins a la data 2025-07-09, el següent nombre de cites:

  • WoS: 75
  • Scopus: 94

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-07-09:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 81.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 81 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 3.
  • El nombre de mencions a Viquipèdia: 1 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Primer Autor (Angulo, B) i Últim Autor (Lopez-Rios, F).

els autors responsables d'establir les tasques de correspondència han estat Angulo, B i Suarez-Gauthier, A.