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This work was partially funded by Fundacion Mutua Madrilena and Fondo de Investigaciones Sanitarias (PIs: Esther Conde, Luis Paz-Ares and Fernando Lopez-Rios). DxS Limited provided some tests kits free of charge. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript.

Análisis de autorías institucional

Martinez, RAutor o CoautorRedondo, PAutor o Coautor

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4 de agosto de 2021
Publicaciones
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Artículo
Sí

A Comparison of EGFR Mutation Testing Methods in Lung Carcinoma: Direct Sequencing, Real-time PCR and Immunohistochemistry

Publicado en:Plos One. 7 (8): - 2012-08-27 7(8), DOI: 10.1371/journal.pone.0043842

Autores: Angulo, B; Conde, E; Suarez-Gauthier, A; Plaza, C; Martinez, R; Redondo, P; Izquierdo, E; Rubio-Viqueira, B; Paz-Ares, L; Hidalgo, M; Lopez-Rios, F

Afiliaciones

Hosp Univ Virgen del Rocio, Seville, Spain - Autor o Coautor
Inst Biomed Sevilla IBIS, Dept Oncol, Seville, Spain - Autor o Coautor
Spanish Natl Canc Res Ctr, Gastrointestinal Canc Clin Res Unit, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ San Pablo CEU, Hosp HM Univ Sanchinarro, Ctr Integral Oncol Clara Campal, Lab Dianas Terapeut,Fac Med, Madrid, Spain - Autor o Coautor

Resumen

The objective of this study is to compare two EGFR testing methodologies (a commercial real-time PCR kit and a specific EGFR mutant immunohistochemistry), with direct sequencing and to investigate the limit of detection (LOD) of both PCR-based methods. We identified EGFR mutations in 21 (16%) of the 136 tumours analyzed by direct sequencing. Interestingly, the Therascreen EGFR Mutation Test kit was able to characterize as wild-type one tumour that could not be analyzed by direct sequencing of the PCR product. We then compared the LOD of the kit and that of direct sequencing using the available mutant tumours. The kit was able to detect the presence of a mutation in a 1% dilution of the total DNA in nine of the 18 tumours (50%), which tested positive with the real-time quantitative PCR method. In all cases, EGFR mutation was identified at a dilution of 5%. Where the mutant DNA represented 30% of the total DNA, sequencing was able to detect mutations in 12 out of 19 cases (63%). Additional experiments with genetically defined standards (EGFR Delta E746-A750/+ and EGFR L858R/+) yielded similar results. Immunohistochemistry (IHC) staining with exon 19-specific antibody was seen in eight out of nine cases with E746-A750del detected by direct sequencing. Neither of the two tumours with complex deletions were positive. Of the five L858R-mutated tumours detected by the PCR methods, only two were positive for the exon 21-specific antibody. The specificity was 100% for both antibodies. The LOD of the real-time PCR method was lower than that of direct sequencing. The mutation specific IHC produced excellent specificity.

Palabras clave

AccuracyActivating mutationsAdultAgedAged, 80 and overAnalytic methodArticleBase sequenceCancerDirect sequencingDna mutational analysisEgfr geneEpidermal-growth-factorExonFactor-receptor mutationsFemaleGefitinib treatmentGene copy numberGene deletionGene expressionGene frequencyGene mutationHumanHuman tissueHumansImmunohistochemistryIntermethod comparisonLimit of detectionLung carcinomaLung neoplasmsMajor clinical studyMaleMiddle agedMutational analysisOncogenePersonalized medicinePoint mutationPolymerase-chain-reactionPredictive valueProtein expressionReal time polymerase chain reactionReal-time polymerase chain reactionReceptor, epidermal growth factorSensitivity and specificityTyrosine kinase inhibitors

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Plos One debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2012, se encontraba en la posición 7/56, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Multidisciplinary Sciences.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 1.58. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 4.65 (fuente consultada: FECYT Feb 2024)
  • Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions: 17.4 (fuente consultada: Dimensions Jul 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-07-09, el siguiente número de citas:

  • WoS: 75
  • Scopus: 94

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-07-09:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 81.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 81 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 3.
  • El número de menciones en Wikipedia: 1 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (Angulo, B) y Último Autor (Lopez-Rios, F).

los autores responsables de establecer las labores de correspondencia han sido Angulo, B y Suarez-Gauthier, A.