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Gil-De-La-Fuente AAutor (correspondencia)Godzien JAutor o CoautorSaugar SAutor o CoautorGarcia-Carmona RAutor o CoautorBarbas C.Autor o CoautorOtero A.Autor o Coautor

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4 de febrero de 2019
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CEU Mass Mediator 3

Publicado en:Journal Of Proteome Research. 18 (2): 797-802 - 2019-02-01 18(2), DOI: 10.1021/acs.jproteome.8b00720

Autores: Gil-de-la-Fuente, Alberto; Godzien, Joanna; Saugar, Sergio; Garcia-Carmona, Rodrigo; Badran, Hasan; Wishart, David S; Barbas, Coral; Otero, Abraham

Afiliaciones

Centre for Metabolomics and Bioanalysis (CEMBIO), Facultad de Farmacia , Universidad San Pablo-CEU, CEU Universities, Campus Montepríncipe , Boadilla del Monte, Madrid 28668 , Spain - Autor o Coautor
CEU Univ, Univ San Pablo CEU, Escuela Politecn Super, Dept Informat Technol, Campus Monteprincipe, Madrid 28668, Spain - Autor o Coautor
CEU Univ, Univ San Pablo CEU, Fac Farm, Ctr Metabol & Bioanal CEMBIO, Campus Monteprincipe, Madrid 28668, Spain - Autor o Coautor
Department of Biological Sciences University of Alberta , Edmonton , Alberta T6G 2E9 , Canada - Autor o Coautor
Department of Computing Science , University of Alberta , Edmonton , Alberta T6G 2E8 , Canada - Autor o Coautor
Department of Information Technology, Escuela Politécnica Superior , Universidad San Pablo-CEU, CEU Universities, Campus Montepríncipe , Boadilla del Monte, Madrid 28668 , Spain - Autor o Coautor
Faculty of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences , University of Alberta , Edmonton , Alberta T6G 2N8 , Canada - Autor o Coautor
Univ Alberta, Dept Biol Sci, Edmonton, AB T6G 2E9, Canada - Autor o Coautor
Univ Alberta, Dept Comp Sci, Edmonton, AB T6G 2E8, Canada - Autor o Coautor
Univ Alberta, Fac Pharm & Pharmaceut Sci, Edmonton, AB T6G 2N8, Canada - Autor o Coautor
Universidad CEU San Pablo. ESCUELA POLITECNICA SUPERI. Tecnologias de la Información - Autor o Coautor
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Resumen

CEU Mass Mediator (CMM, http://ceumass.eps.uspceu.es ) is an online tool that has evolved from a simple interface to query different metabolomic databases (CMM 1.0) to a tool that unifies the compounds from these databases and, using an expert system with knowledge about the experimental setup and the compounds properties, filters and scores the query results (CMM 2.0). Since this last major revision, CMM has continued to grow, expanding the knowledge base of its expert system and including new services to support researchers in the metabolite annotation and identification process. The information from external databases has been refreshed, and an in-house library with oxidized lipids not present in other sources has been added. This has increased the number of experimental metabolites up 332,665 and the number of predicted metabolites to 681,198. Furthermore, new taxonomy and ontology metadata have been included. CMM has expanded its functionalities with a service for the annotation of oxidized glycerophosphocholines, a service for spectral comparison from MS2 data, and a spectral quality-assessment service to determine the reliability of a spectrum for compound identification purposes. To facilitate the collaboration and integration of CMM with external tools and metabolomic platforms, a RESTful API has been created, and it has already been integrated into the HMDB (Human Metabolome Database). This paper will present the novel functionalities incorporated into version 3.0 of CMM.

Palabras clave

AnimalsAnnotationData curationDatabasesDatabases, factualHumansIdentificationInformation disseminationKnowledge representationLipid metabolismMass spectrometryMetabolomicsPhosphorylcholineRestSoftwareSoftware toolWeb services

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Journal Of Proteome Research debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2019, se encontraba en la posición 12/77, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Biochemical Research Methods.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 5.3. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 4.16 (fuente consultada: FECYT Feb 2024)
  • Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions: 12.65 (fuente consultada: Dimensions Aug 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-08-02, el siguiente número de citas:

  • WoS: 110
  • Scopus: 116
  • Europe PMC: 72

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-08-02:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 189.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 199 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 28.5.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 28 (Altmetric).

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Canada.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (Gil de la Fuente, Alberto) y Último Autor (OTERO QUINTANA, ABRAHAN).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido Gil de la Fuente, Alberto.